20世纪70年代中期，人们发现氯与未处理水中的有机物反应时，会产生氯仿等有害副产物。美国一家癌症研究机构通过动物研究证明氯仿可能致癌，随后有人提出饮用用氯消毒的自来水与膀胱癌、结肠癌、直肠癌的高发有关。
放心饮用符合饮用水安全标准的氯化自来水。
因此，几年前，美国、欧盟等国家就开始制定相关的氯限量标准，以降低饮用水中副产物的含量。氯仿(如氯仿)的限量为每升80毫克。可能有害的副产物如溴化物和乙酸的含量也受到限制。一些国家环保部门还规定，在不加氯的情况下，消毒前必须消除水中的活性有机物。
但也有科学家对减少氯消毒副产物的措施提出了担忧：比如不同地方的水质差异，水中有机物含量差异较大，氯消毒产生的副产物含量也可能差异很大。氯太多有害，氯太少会降低消毒效果，对健康同样有害，所以很难掌握标准。也有人指出，氯化消毒的副产物还有很多未知，比如溴化三氯甲烷，比众所周知的氯仿毒性更大。当氯仿的副产物总含量降低时，可能会改变化学物质的平衡，最终会增加最令人担忧的物质的含量。一些科学家甚至对氯致癌的一些研究方法提出了质疑，比如：虽然氯化水中的一些溴化副产物可以使实验鼠致癌；然而，同样的化学物质并没有在老鼠身上引起癌症。另外，在实验室里动物吸收的量一般是人从饮水中吸收的几千倍，而且在实验室里，化学副产物都是一个一个单独研究的，并没有混合在一起。
对加氯致癌作用的过度“宣传”确实给人们带来了种种忧虑，但有科学家认为，人们不必谈氯色变。事实上，仍然没有比氯化消毒更好的措施。科学家尝试过其他的净水方法，如紫外线消毒、臭氧水处理技术等，但要么花钱太多，要么效果不理想。氯化消毒不仅成本低，而且操作有效。
英国科学家约翰。法伯强调了饮用水持续氯化的重要性。他列举了过去50年英国因饮用水引发的10起传染病疫情，并指出其中8起是由于氯化处理不当造成的。他说，“你可以相当肯定地说，喝氯化水比喝未经处理的水危险小。”因此，只要经过氯化处理的自来水符合饮用水安全标准，人们就应该放心饮用。要知道，放弃加氯消毒可能是一个很大的错误，秘鲁疫情的蔓延可以说是一个教训。
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